Μετά την ολοκλήρωση της πρώτης φάσης ελέγχων, o επιχειρησιακός συντονιστής για τον αφθώδη πυρετό, σύμφωνα με ανακοίνωση της 98 ΑΔΤΕ, περνά στον 2ο κύκλο ιχνηλάτησης, ο οποίος θα επικεντρώνεται σε εκτροφές εντός της ζώνης προστασίας. 
Γνωρίζοντας τις καθημερινές δυσκολίες και την πίεση που αντιμετωπίζουν οι κτηνοτρόφοι στις μονάδες τους, τονίζεται ότι στόχος της προσπάθειας είναι η προστασία του ζωικού κεφαλαίου του νησιού και η οριστική απαλλαγή από τη νόσο, ώστε να επιστρέψουμε το συντομότερο δυνατόν στην κανονικότητα. 
Τα κτηνιατρικά κλιμάκια θα διενεργήσουν ελέγχους που εστιάζουν: 
-Στην κλινική εικόνα των ζώων. 
-Στην επιβεβαίωση της ταυτοποίησης (όλα τα ζώα πρέπει να φέρουν τα προβλεπόμενα ενώτια και τα μητρώα εκμετάλλευσης, να βρίσκονται στην εκτροφή). 
-Στην ιχνηλάτηση πιθανών επιδημιολογικών συνδέσεων. 
-Στην αξιολόγηση και ενίσχυση των μέτρων βιοασφάλειας.
Απολύμανση: Στην είσοδο των εγκαταστάσεων για οχήματα και άτομα. 
Περιορισμός επισκεπτών: Αποφυγή εισόδου εξωτερικών ατόμων στην εκτροφή χωρίς τον απαραίτητο εξοπλισμό (μπότες, φόρμες μιας χρήσης). 
Περιορισμός μετακινήσεων: Αυστηρή τήρηση των οδηγιών απαγόρευσης μετακίνησης ζώων και ζωοτροφών μεταξύ διαφορετικών εκμεταλλεύσεων. 

Τελική φάση 
Εφόσον ο κύκλος αυτός ολοκληρωθεί επιτυχώς, θα ακολουθήσει η τελική φάση επιτήρησης. 
Για να περιοριστεί αποτελεσματικά η διασπορά του ιού και να διασφαλιστεί τη λειτουργία των κτηνοτροφικών μονάδων, είναι απαραίτητη η συνεπής τήρηση των εξής μέτρων: 
Η ΣΥΝΕΧΕΙΑ ΣΤΟΝ ΕΝΤΥΠΟ "Δ"